个人独资企业虽然称为“企业“，但是自从2001年1月1日起，个人独资企业不再缴纳企业所得税，至对投资者个人取得的生产经营所得征收个人所得税。个人独资企业缴纳个人所得税分为两类，一类是为个人独资企业的员工缴纳个人所得税，另一类是企业的经营所得缴纳个人所得税。缴纳个人所得税的种类1.个人独资企业的员工缴纳个人所得税，按照《个人所得税法》第十一条规定，工资薪金所得并入员工个人年度综合所得计征个人所得税，由企业以代扣代缴方式，按月或者按次进行“预扣预缴”税款；需要办理汇算清缴的，应当在取得所得的次年三月一日至六月三十日内办理汇算清缴。2.个人独资企业的经营所得。《个人所得税法》第十二条，纳税人取得经营所得，按年计算个人所得税，由纳税人在月度或者季度终了后十五日内向税务机关报送纳税申报表，并预缴税款；在取得所得的次年三月三十一日前办理汇算清缴。
